Il materiale conservato in questo museo è costituito in gran parte da collezioni di fossili siciliani derivanti dalla ricerca su terreni neogenici e del quaternario. Di particolare interesse sono lo scheletro di Elephas Falconeri, elefante nano, uno dei pochi esemplari esistenti in Italia, le due collezioni Gravina e Viglino (quest'ultima comprendente 2000 specie, provenienti da tutto il mondo, di Gasteropodi, Bivalvi e Scafopodi del paleozoico e del quaternario) e la collezione di molluschi e coralli wurmiani del Mediterraneo.