Naque nel 1853 come gabinetto di zoologia nella sede centrale dell'università. Nel 1922 venne trasferito presso l'Istituto di zoologia.
Il museo vanta due ricche collezioni ornitologiche: la prima, comprendente 1000 esemplari, fu donata nel 1923 alla Regia Università da Anna Paternò Castello; la seconda, (Collezione Baglieri e Baglieri -Benanti) ricca di 515 esemplari, quasi tutti uccelli siciliani, è stata acquisita nel 1989.
Interessante anche la raccolta relativa ai mammiferi, ultimamente ingrandita, e quella relativa agli invertebrati terrestri e marini.