Iniziata nel 1687 su disegno di Giovan Battista Contini, a seguito dei danni subiti con l'eruzione del 1669, fu rimaneggiata e finita da diversi architetti, tra cui Francesco Battaglia e Stefano Ittar. Quest'ultimo la munì della cupola alta 62 metri. La facciata rimase incompleta per mancanza dei mezzi finanziari.
L'interno a tre navate è lungo 105 metri. Ai lati delle absidi si aprono sei cappelle semicircolari con balaustra.
All'estremità del transetto si aprono le cappelle di S. Nicolò di Bari e S. Benedetto. Nell'interno vi sono custoditi il famoso settecentesco organo di Donato del Piano, con 72 registri, cinque ordini di tastiere e quasi tremila canne e, nel punto di proiezione del centro della cupola sul pavimento e la linea meridiana di Sartorius e Peters, che fu segnata in direzione nord-sud, lungo il transetto. Quando un raggio di sole, entrando dal foro gnomonico situato nella cappella di San Benedetto, tocca la meridiana, significa che è mezzogiorno. Alcune tacche, tracciate su di essa, segnano il cammino del sole giorno per giorno. La meridiana è stata recentemente restaurata per iniziativa dell'Amministrazione Comunale.

Edificato nel 1558, è il più grande edificio religioso d'Europa  insieme al monastero di Mafra in Estremadura. Vi si accede da piazza Dante, attraverso un portale barocco. Furono dapprima costruiti la chiesa, rivolta verso la città, e, nel 1598,  il chiostro dell'architetto Giulio Lasso, costituito da 52 colonne e 12 statue di marmo. Il monastero, distrutto dal terremoto, fu successivamente ricostruito.
Il progetto voluto dai benedettini era talmente sontuoso che rimase incompleto per mancanza dei mezzi finanziari. Era una città nella città, aperta a coloro che abitavano le umili case circostanti. Moltissimi furono gli artisti che vi lavorarono. Il prospetto meridionale è di Alonzo di Benedetto, che lo realizzò nel 1716. La cupola, alta 62 metri, è di S. Ittar. Il messinese Tommaso Amato disegnò nel 1726 gli elegantissimi dormitori ad est,  che si incontrano appena entrati nel cortile. Il prospetto meridionale è di Alonzo di Benedetto, che lo realizzò nel 1716. La cupola, alta 62 metri, è di S. Ittar. Di Battaglia Biondo e Battaglia Santangelo è il portale neoclassico, che stona sulla barocca facciata decorata da Amato.
I corpi bassi addossati alle mura esterne erano scuderie, locali che  stupiscono per i particolari decorativi.
Del Vaccarini sono i due refrettori e la biblioteca, affrescati da Piparo; la biblioteca, per l'estrema semplicità,  è quasi una sfida alla sontuosità del complesso.
Dopo il terremoto del 1693, Antonino Amato si occupò dell'impianto del monastero e lo rese  ancora più monumentale con una coppia di chiostri appoggiati al fianco meridionale della chiesa del Contini. Altri chiostri, che non poterono essere realizzati per le ragioni già dette, avrebbero dovuto simmetricamente completare il complesso. Nel 1748 iniziano i lavori nella prestigiosa sacrestia, decorata da Antonino Emanuele e lavorata dallo scultore Gaetano Francese, e Francesco Battaglia si occupa dei lavori al ponte, alla chiesa e al museo, iniziati  dal Vaccarini. La piazza, chiusa scenograficamente da una esedra, fu disegnata da Stefano Ittar. Oggi il monastero è occupato dall'Università come sede della Facoltà di Lettere e Filosofia. All'interno si possono visitare il grande refettorio e le celle dei religiosi. Dai lunghi corridoi si possono ammirare i chiostri.