Nacque a Palermo nel 1702 e morì a Milazzo (Messina) nel 1768. Da giovane indossò l'abito talare, ma la vocazione artistica ebbe poi il sopravvento. E' soprattutto merito suo se l'architettura tardobarocca più viva ed interessante si trova in Sicilia. Avendo il terremoto del 1693 devastato la maggior parte delle città  orientali dell'isola, ebbe inizio un lungo periodo di ricostruzione e Catania fu il centro dell'elaborazione architettonica. Le sue opere costituiscono ancora oggi  molta parte del paesaggio urbano. Fu chiamato nella città terremotata dal vescovo Galletti, quando aveva ventisette anni. Aveva studiato a Roma, dove aveva conosciuto Vanvitelli e Carlo Fontana ed approfondito le opere di Bernini e di Borromini. A differenza dello Juvara, l'esperienza romana lo manterrà  vicino all'architettura berniniana. Il barocco vaccariniano è rielaborazione delle forme e del ritmo classici, insieme all'uso dei materiali e degli stilemi del repertorio tradizionale catanese. F. Fichera, architetto degli anni trenta, così scrive di Vaccarini:  Egli aveva il segreto del ritmo, un dono che Dio offre ai grandi architetti ed ai grandi musicisti ed ancora: Con Vaccarini si rinnovò il miracolo italiano, per cui ciascuna delle cento città nostre ha una sua figura ed un suo privilegio: Firenze ha quello di rappresentare il Rinascimento, Catania il Barocco. A trentun'anni gli fu assegnato il prospetto della Cattedrale di Catania con il compito di restaurarlo, inserendovi le colonne marmoree dell'Odeon greco e del Circo romano. Innumerevoli sono le opere che ci ha lasciato, ma il suo capolavoro è la Chiesa della Badìa di Sant'Agata, edificata in Piazza Duomo, proprio dove costruì in seguito la fontana dell'Elefante ed il Palazzo Senatorio. Su corso Vittorio Emanuele realizzò i Palazzi Valle e Serravalle; su via Crociferi  la Chiesa di San Giuliano; in piazza degli Studi partecipò ai lavori dell'Università e del Palazzo Di Sangiuliano; realizzò ancora  il Collegio Cutelli, Casa Vaccarini, la biblioteca del Monastero dei benedettini e la Badìa delle monache di San Benedetto. Di animo nobile, mite di temperamento, pio e generoso, il Vaccarini conquistò la stima dei catanesi. Il Senato della città, con unanime deliberazione del 28 novembre 1735, considerati le virtù, l'ingegno, le facoltà artistiche delle quali il Rev.mo Don Giovanni Battista Vaccarini, palermitano, Canonico Secondario di questa Cattedrale, è ornato..., gli conferì la cittadinanza onoraria.