La ricostruzione del centro abitato inizierà solo nei primi anni del 1700. Sarà il terzo dei principi di Palagonia, Ferdinando Francesco, a dare l'avvio alla ricosruzione, che termnerà nel 1740. Fu lui, nel 1705, a volere il grande palazzo nobiliare, divenuto il Municipio della città dal 1919.
Dopo il terremoto, il paese mantenne l'antico assetto viario medievale, con poche modifiche riguardanti il Corso (via Vittorio Emanuele) e la piazza Maggiore (Garibaldi). Vennero edificate due nuove chiese: Santa Croce (con pianta ottagonale) e San Cristoforo (lungo l'attuale via Garibaldi). Molte delle antiche chiese distrutte non furono più ricostruite: San Francesco, Sant'Agata nel Castello, Spirito Santo, Santa Venera, oratorio dell'Annunziata.
La chiesa del Carmine con l'annesso convento venne ricostruita nel 1708 sulle rovine di quella di San Sebastiano. Il convento verrà demolito nel 1890.
La chiesa di San Gerolamo, affiancata dalla nuova Torre dell'Orologio, fu ricostruita nel 1694; quella dell'Annunziata Extra Terra nel 1695; quella del Purgatorio nel 1700 (demolita nel 1970); quella dell'Angelo Custode nel 1703; quella di Santa Maria del Gesù, rinominata Sant'Anna, nel 1737 (demolita nel 1963). La chiesa di Sant'Antonino da Padova sopravvisse al sisma, ma non alle ruspe, che la demolirono nel 1970.
La chiesa Madre venne ricostruita sui resti della precedente nel 1699 (sono ancora visibili alcune strutture medievali nella zona absidale). Elevata a Collegiata nel 1742, fu affiancata dal Collegio dei Canonici, oggi sagrestia. Sul lato opposto fu edificata nel XIX secolo la chiesa della Confraternita (attuale cine-teatro).
Nel corso del XVIII secolo il centro abitato si arricchisce di notevoli palazzi: Lentini, Cancellieri, Cocuzza, Amico, ecc.; nella campagna s'incrementano le masserie.
Riprende la crescita demografica ed economica: la popolazione raggiunge le 3580 unità nel 1792 e si costruiscono mulini, palmenti e frantoi. Scompare la pastorizia e prende il sopravvento la coltura del grano, della canapa, del lino, del riso, dell'ulivo e della vite. C'è anche, ma in modesta misura, l'allevamento del baco da seta. La coltura degli agrumi, grande realtà dell'economia di Francofonte, ancora monopolio esclusivo nella seconda metà del secolo XVII della famiglia baronale, nella prima metà del secolo XVIII comincia a diffondersi. I primi pionieri dell'agrumicoltura francofontese incoraggiano e spingono molti coltivatori a seguire il loro esempio. Si avvia così un grande processo di trasformazione delle campagne del Francofontese, che caratterizzerà l'economia della zona nei due secoli successivi.